DNSの内容を修正したので、ログを確認していたところ、
Jun 27 08:41:13 sv11 kernel: [ 5236.723173] type=1503 audit(1277595673.862:16): operation="capable" name="sys_resource" pid=6593 profile="/usr/sbin/named"
といった見慣れないログを見つけた。
なんなのかな、と調べたところ、 apparmorがらみのメッセージみたいでした。
自分としては apparmorを動かしているつもりは無かったのですが、Ubuntu Server（9.10)って apparmor動いてるみたいですね。
/etc/ apparmor.dの下にしっかり named のパラメータがありました。 apparmor_status で調べるときっちり動作中でした。
下手に named.conf の中でローカルな設定を行うとセキュリティに引っかかって起動に失敗するかもしれないので、注意しなくては。。。。